POP3 se používalo především v dobách pomalého internetu, ale velké množství lidí jej používá dodnes – aniž by si uvědomovali teoretická rizika s tím související. Zejména to, že e-maily jsou stahovány do jejich, obvykle nezálohovaného počítače, a jakýmkoli jeho kolapsem automaticky přicházejí o veškerou korespondenci (vyjímkou je explicitní nastavení ponecávání kopií na serveru – v tom případě dotyčný příjde jen o odeslanou poštu). Výhodou naopak je, že i v případě, že nejsme připojení k internetu máme veškeré maily při sobě. To je ale snadno možné i v případě protokolu IMAP, který ale zajistí i bezpečnost dat.
IMAP funguje opačně – vlastně vypisuje obsah schránky na serveru, podobně jako webové rozhraní). Výhodou je, že maily jsou uloženy na bezpečném serveru webhostingu a navíc obvykle zálohována na další úložiště – rizika ztráty jsou tak poměrně výrazně eliminována (nic neohrozí ani kolaps disku, ani se nestane, že někdo zcizí notebook s e-maily). Další výhodou je, že do všech e-mailů lze snadno přistupovat z více míst a vaši důležitou korespondenci najdete všude a kompletní.
Používáte-li nyní protokol POP3, úprava je snadná – přístupy pro IMAP jsou obvykle stejné, liší se pouze server a je třeba změnit nastavení protokolu z POP3 na IMAP.